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朝堂上讨论了一会儿，但并不激烈，主要原因有三，一、哪些职业喷子——御史、给事中，不在这这里，二、大臣们习惯了皇帝各种新主义，只要不触及他们太大的利益，就无所谓。三、郑芝龙很会来事，朝中大员多少都有孝敬。
但在给郑芝龙定品级和各部官员的品级的时候，吏部尚书李遇知却坚持不同意和官军同一标准，理由是海军新建，未立战功，而且现在的主要敌人也不在海上，户部尚书倪元璐出于财政支出的考虑也反对。最终一番商议后还是定下来海军建制：
一、海军设四大舰队：北洋舰队、东洋舰队、南洋舰队、西洋舰队。但目前只建南洋舰队，每个舰队的规模为
万人，大小舰船
艘。
二、海军主帅为大都督，从一品，目前空置，四大舰队主官为都督，从二品，南洋舰队都督由郑芝龙担任，舰队下设分舰队，舰队主官为提督，从四品，分舰队下设各大舰，主官为舰长，从五品，在下则为营、连、排、什，和官军皇家军团同样，品级则都低一级。另外每个大舰队还设
个陆战师，主官为师长，从四品，规模与皇家第一军团的师级单位同等。
三、海军南洋舰队军费，只拨官军的一半，其余由郑芝龙成立南洋舰队商贸司，自行筹集，但由户部监管，福建、广东、广西四省水师都并入南洋舰队。
而这次海军的定制，也为后世大明海军留下了深远的影响。郑芝龙则是这次建军的最大受益者，首先官升三级，成为了从二品的大员，其次能够将自己的海贸合法化，最后建立了大明第一支海军，这必然名垂青史。
