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王允成入城后见此情形，大惊失色，他知道是廖志成所为，赶紧下令逮捕了廖志成，然后制止了屠杀行为。刚有所好转的秦良玉听到此消息，脸色又惨白了几分。
王允成说道：“大帅，你看此事如何处置？”“屠杀降卒已是重罪，还屠杀平民，奸淫掳掠，绝不姑息！兹事体大，我要上奏朝廷，请求处置！”秦良玉面色铁青。“是末将安排不周，廖将军他也有许多功劳……”王允成下跪准备求情，“不必多言，你是了解陛下的！”秦良玉挥手。
南京，朝会，八百里加急的军报放到了朱明复的案头，朱明复看后龙颜大怒，他拍案而起，近乎嘶吼地说道：“满人屠戮朕的子民，我们可以讨伐，张贼屠戮朕的子民，我们可以讨伐，如今自己的将士屠戮子民，你们说该当如何？如何！”
这是自上次南北党争之后朱明复的第二次发火，但这一次发火比上一次更为凶猛。文武百官没有一个人敢说话，甚至呼吸。“兵部，如何处置？”朱明复骂了一会儿后，看向史可法和左良玉。
“按军法，廖志成当车裂！”史可法说。
“其他人呢？难道只是廖志成一人有罪？”朱明复厉声喝问。
“这……”史可法吞吞吐吐。
“好，不敢说是吧，朕替你们说，上至秦良玉，下至屠城士卒，都要治罪，兵部明早卯时之前，按军法给朕拟出个处置章程，明天下午就发往前线！退潮！”朱明复拂袖而去。
范景文等四个内阁大臣和兵部史、左二尚书以及两个侍郎，散朝后赶紧前往御书房求见皇帝，他们以为朱明复是一时意气用事。朱明复并没有拒绝见他们。
几人来带御书房，看到皇帝脸色好了不少，黄锦率先开口道：“陛下，臣认为如今前线正在用兵，若处置失当，军心不稳，恐难取胜啊。”“那你认为，这些禽兽之辈不受军法，这只军队还有能取胜？本是剿贼，如今自己成了贼，还能赢得民心？”朱明复说，黄锦等人语塞。
“众位爱卿的担忧朕自然考虑到了，但军法如山，无人可以违背。这样吧，王允成和秦良玉只降官级，普通士兵先当众仗责，而后刺字编入敢死队，如果后面还能或者回来就流放到北边永明县去。”朱明复态度稍缓和，众人心中也算有了定心丸。
次日，兵部拟出了处置的章程：
秦良玉御下不严，有失察之罪，官降一级，罚俸一年，戴罪立功。
王允成用人失误，有失察之罪，官降二级，罚俸三年，戴罪立功。
廖志成指挥屠杀降卒、平民，处以车裂。
