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第二次物种大灭绝发生在距今
。
亿年前的泥盆纪后期。又称泥盆纪大灭绝。
泥盆纪，地质年代名称，紫薇的专家用了另一个名词，但张斌辉马上反应到了地球上的说法，他自动理解了。
泥盆纪是古生代第四纪，约开始于
。
亿年前，结束于
。
亿年前，持续约
万年。
泥盆纪分为早、中、晚
个世，地层相应的分为下、中、上
个统。泥盆纪古地理面貌较早古生代有了巨大的改变。
表现为陆地面积扩大，陆相地层的发育，生物界的面貌也发生了巨大的变革。陆生植物、鱼形动物空前发展，两栖动物开始出现，无脊椎动物的成分也显著改变。
泥盆纪是脊椎动物飞越发展的时期，鱼类相当繁盛，各种类别的鱼都有出现，故泥盆纪被称为“鱼类的时代”。
最重要的是从总鳍类演化而来的，两栖类、爬行类的祖先四足类，也就是四足脊椎动物开始出现。
根据研究，泥盆纪时期是温暖的。化石记录说明当时远至北极地区都处于温带气候。第二次物种大灭绝发生在泥盆纪晚期，其原因也是地球气候变冷和海洋退却。
在距今约
。
亿年前的泥盆纪后期，历经两个高峰，中间间隔
万年，发生地球史上第二次物种灭绝事件，海洋生物遭到重创。
第三次物种大灭绝发生在二叠纪，二叠纪是古生代的最后一个纪，也是重要的成煤期。
二叠纪分为早二叠世，中二叠世和晚二叠世。二叠纪开始于距今约
。
亿年，延至
。
亿年，共经历了
万年。
二叠纪的地壳运动比较活跃，古板块间的相对运动加剧，世界范围内的许多地槽封闭并陆续地形成褶皱山系，古板块间逐渐拼接形成联合古大陆。
这个时候，陆地的面积进一步扩大，海洋范围缩小，自然地理环境的变化，促进了生物界的重要演化，预示着生物发展史上一个新时期的到来。
距今
。
亿年前的二叠纪末期，发生了有史以来最严重的大灭绝事件，估计地球上有
%的物种灭绝，其中
%的海洋生物和
%的陆地脊椎动物灭绝。
三叶虫、海蝎以及重要珊瑚类群全部消失。陆栖的单弓类群动物和许多爬行类群也灭绝了。
这次大灭绝使得占领海洋近
亿年的主要生物从此衰败并消失，让位于新生物种类，生态系统也获得了一次最彻底的更新，为恐龙类等爬行类动物的进化铺平了道路。
这名紫薇学者认为，这一大灭绝是地球历史从古生代向中生代转折的里程碑。其他各次大灭绝所引起的海洋生物种类的下降幅度都不及其
/
，没有使生物演化进程产生如此重大的转折。
学者认为，在二叠纪曾经发生海平面下降和大陆漂移，造成了最严重的物种大灭绝。
所有的大陆聚集成了一个联合的古陆，富饶的海岸线急剧减少，大陆架也缩小了，生态系统受到了严重的破坏，很多物种的灭绝是因为失去了生存空间。
更严重的是，当浅层的大陆架暴露出来后，原先埋藏在海底的有机质被氧化，这个过程消耗了氧气，释放出二氧化碳。大气中氧的含量减少，对生活在陆地上的动物非常不利。
